Last updated on 2025-03-13 15:51:14 CET.
| Flavor | Version | Tinstall | Tcheck | Ttotal | Status | Flags |
|---|---|---|---|---|---|---|
| r-devel-linux-x86_64-debian-clang | 0.2.0 | 70.36 | 904.65 | 975.01 | OK | |
| r-devel-linux-x86_64-debian-gcc | 0.2.0 | 62.23 | 606.88 | 669.11 | ERROR | |
| r-devel-linux-x86_64-fedora-clang | 0.2.0 | 1531.71 | ERROR | |||
| r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc | 0.2.0 | 1874.54 | ERROR | |||
| r-devel-macos-arm64 | 0.2.0 | 5.00 | ERROR | |||
| r-devel-macos-x86_64 | 0.2.0 | 6.00 | ERROR | |||
| r-devel-windows-x86_64 | 0.2.0 | 81.00 | 765.00 | 846.00 | OK | |
| r-patched-linux-x86_64 | 0.2.0 | OK | ||||
| r-release-linux-x86_64 | 0.2.0 | 65.51 | 823.72 | 889.23 | ERROR | |
| r-release-macos-arm64 | 0.2.0 | 10.00 | ERROR | |||
| r-release-macos-x86_64 | 0.2.0 | 488.00 | NOTE | |||
| r-release-windows-x86_64 | 0.2.0 | 88.00 | 835.00 | 923.00 | OK | |
| r-oldrel-macos-arm64 | 0.2.0 | 300.00 | NOTE | |||
| r-oldrel-macos-x86_64 | 0.2.0 | 11.00 | ERROR | |||
| r-oldrel-windows-x86_64 | 0.2.0 | 116.00 | 956.00 | 1072.00 | OK |
Version: 0.2.0
Check: re-building of vignette outputs
Result: ERROR
Error(s) in re-building vignettes:
...
--- re-building ‘STMOB.Rmd’ using rmarkdown
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/MOB_ST.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 5988380 bytes (5.7 MB)
==================================================
downloaded 5.7 MB
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/MOB_scRNA.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 48066404 bytes (45.8 MB)
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downloaded 45.8 MB
Performing log-normalization
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Calculating gene variances
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Calculating feature variances of standardized and clipped values
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Performing log-normalization
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Calculating gene variances
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
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Calculating feature variances of standardized and clipped values
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Progress: ─────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ───────────────────────────────────────────────── 100%
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Progress: ─────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ───────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ───────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 126860 bytes
Input file size = 127118 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 96729
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 96729
Output IDAT size = 96729 bytes (30131 bytes decrease)
Output file size = 96807 bytes (30311 bytes = 23.84% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 128341 bytes
Input file size = 128599 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 97991
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 97991
Output IDAT size = 97991 bytes (30350 bytes decrease)
Output file size = 98069 bytes (30530 bytes = 23.74% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 128341 bytes
Input file size = 128599 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 97991
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 97991
Output IDAT size = 97991 bytes (30350 bytes decrease)
Output file size = 98069 bytes (30530 bytes = 23.74% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-15-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 92821 bytes
Input file size = 93031 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 68226
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 68226
Output IDAT size = 68226 bytes (24595 bytes decrease)
Output file size = 68304 bytes (24727 bytes = 26.58% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-16-1.png
844x864 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 189490 bytes
Input file size = 189844 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 170046
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 170046
Output IDAT size = 170046 bytes (19444 bytes decrease)
Output file size = 170124 bytes (19720 bytes = 10.39% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-19-1.png
844x480 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 49756 bytes
Input file size = 49906 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 41497
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 41497
Output IDAT size = 41497 bytes (8259 bytes decrease)
Output file size = 41575 bytes (8331 bytes = 16.69% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-20-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 63220 bytes
Input file size = 63382 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 49156
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 49156
Output IDAT size = 49156 bytes (14064 bytes decrease)
Output file size = 49234 bytes (14148 bytes = 22.32% decrease)
--- finished re-building ‘STMOB.Rmd’
--- re-building ‘XeniumBC.Rmd’ using rmarkdown
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/BC_scRNAList.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 2310272 bytes (2.2 MB)
==================================================
downloaded 2.2 MB
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/BC_XeniumList.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 1256437 bytes (1.2 MB)
==================================================
downloaded 1.2 MB
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/BC_feature_imgList.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 12559173 bytes (12.0 MB)
==================================================
downloaded 12.0 MB
Performing log-normalization
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
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Performing log-normalization
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Progress: ──────────── 100%
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Progress: ───────────────────────────────────────────────── 100%
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Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png
1152x1512 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 529798 bytes
Input file size = 530644 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 381671
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 381671
Output IDAT size = 381671 bytes (148127 bytes decrease)
Output file size = 381749 bytes (148895 bytes = 28.06% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png
1152x1512 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 407870 bytes
Input file size = 408536 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 290562
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 290562
Output IDAT size = 290562 bytes (117308 bytes decrease)
Output file size = 290640 bytes (117896 bytes = 28.86% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-16-1.png
1152x480 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 138203 bytes
Input file size = 138473 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 113268
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 113268
Output IDAT size = 113268 bytes (24935 bytes decrease)
Output file size = 113346 bytes (25127 bytes = 18.15% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-17-1.png
1152x1512 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 303779 bytes
Input file size = 304301 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 230022
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 230022
Output IDAT size = 230022 bytes (73757 bytes decrease)
Output file size = 230100 bytes (74201 bytes = 24.38% decrease)
Quitting from lines 323-331 [unnamed-chunk-19] (XeniumBC.Rmd)
Error: processing vignette 'XeniumBC.Rmd' failed with diagnostics:
attempt to set 'colnames' on an object with less than two dimensions
--- failed re-building ‘XeniumBC.Rmd’
SUMMARY: processing the following file failed:
‘XeniumBC.Rmd’
Error: Vignette re-building failed.
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-debian-gcc
Version: 0.2.0
Check: re-building of vignette outputs
Result: ERROR
Error(s) in re-building vignettes:
--- re-building ‘STMOB.Rmd’ using rmarkdown
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/MOB_ST.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 5988380 bytes (5.7 MB)
==================================================
downloaded 5.7 MB
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/MOB_scRNA.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 48066404 bytes (45.8 MB)
==================================================
downloaded 45.8 MB
Performing log-normalization
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
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Calculating gene variances
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
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Calculating feature variances of standardized and clipped values
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
Performing log-normalization
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
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Calculating gene variances
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Calculating feature variances of standardized and clipped values
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Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
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Input file size = 126626 bytes
Trying:
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Selecting parameters:
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Output IDAT size = 92863 bytes (33505 bytes decrease)
Output file size = 92941 bytes (33685 bytes = 26.60% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
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Input file size = 128097 bytes
Trying:
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Selecting parameters:
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Output IDAT size = 93814 bytes (34025 bytes decrease)
Output file size = 93892 bytes (34205 bytes = 26.70% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 127839 bytes
Input file size = 128097 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 93814
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Selecting parameters:
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Output IDAT size = 93814 bytes (34025 bytes decrease)
Output file size = 93892 bytes (34205 bytes = 26.70% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-15-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
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Input file size = 92199 bytes
Trying:
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Output file size = 66638 bytes (25561 bytes = 27.72% decrease)
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844x864 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
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Input file size = 189322 bytes
Trying:
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Selecting parameters:
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Output IDAT size = 168348 bytes (20620 bytes decrease)
Output file size = 168426 bytes (20896 bytes = 11.04% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-19-1.png
844x480 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
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Output IDAT size = 38960 bytes (10415 bytes decrease)
Output file size = 39038 bytes (10487 bytes = 21.18% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-20-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 63015 bytes
Input file size = 63177 bytes
Trying:
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Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 47300
Output IDAT size = 47300 bytes (15715 bytes decrease)
Output file size = 47378 bytes (15799 bytes = 25.01% decrease)
--- finished re-building ‘STMOB.Rmd’
--- re-building ‘XeniumBC.Rmd’ using rmarkdown
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/BC_scRNAList.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 2310272 bytes (2.2 MB)
==================================================
downloaded 2.2 MB
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Content type 'application/octet-stream' length 1256437 bytes (1.2 MB)
==================================================
downloaded 1.2 MB
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/BC_feature_imgList.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 12559173 bytes (12.0 MB)
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downloaded 12.0 MB
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Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png
1152x1512 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 527131 bytes
Input file size = 527977 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 365220
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 365220
Output IDAT size = 365220 bytes (161911 bytes decrease)
Output file size = 365298 bytes (162679 bytes = 30.81% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png
1152x1512 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 404815 bytes
Input file size = 405481 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 284971
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 284971
Output IDAT size = 284971 bytes (119844 bytes decrease)
Output file size = 285049 bytes (120432 bytes = 29.70% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-16-1.png
1152x480 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 137347 bytes
Input file size = 137617 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 109537
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 109537
Output IDAT size = 109537 bytes (27810 bytes decrease)
Output file size = 109615 bytes (28002 bytes = 20.35% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-17-1.png
1152x1512 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 302474 bytes
Input file size = 302984 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 222413
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 222413
Output IDAT size = 222413 bytes (80061 bytes decrease)
Output file size = 222491 bytes (80493 bytes = 26.57% decrease)
OMP: Warning #96: Cannot form a team with 8 threads, using 2 instead.
OMP: Hint Consider unsetting KMP_DEVICE_THREAD_LIMIT (KMP_ALL_THREADS), KMP_TEAMS_THREAD_LIMIT, and OMP_THREAD_LIMIT (if any are set).
Quitting from lines 323-331 [unnamed-chunk-19] (XeniumBC.Rmd)
Error: processing vignette 'XeniumBC.Rmd' failed with diagnostics:
attempt to set 'colnames' on an object with less than two dimensions
--- failed re-building ‘XeniumBC.Rmd’
SUMMARY: processing the following file failed:
‘XeniumBC.Rmd’
Error: Vignette re-building failed.
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-clang
Version: 0.2.0
Check: re-building of vignette outputs
Result: ERROR
Error(s) in re-building vignettes:
--- re-building ‘STMOB.Rmd’ using rmarkdown
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/MOB_ST.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 5988380 bytes (5.7 MB)
==================================================
downloaded 5.7 MB
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/MOB_scRNA.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 48066404 bytes (45.8 MB)
==================================================
downloaded 45.8 MB
Performing log-normalization
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
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Calculating gene variances
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Calculating feature variances of standardized and clipped values
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Performing log-normalization
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
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Calculating gene variances
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Calculating feature variances of standardized and clipped values
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
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Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-devel/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 126368 bytes
Input file size = 126626 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 92863
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 92863
Output IDAT size = 92863 bytes (33505 bytes decrease)
Output file size = 92941 bytes (33685 bytes = 26.60% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-devel/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 127839 bytes
Input file size = 128097 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 93814
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
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zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 93814
Output IDAT size = 93814 bytes (34025 bytes decrease)
Output file size = 93892 bytes (34205 bytes = 26.70% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-devel/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 127839 bytes
Input file size = 128097 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 93814
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 93814
Output IDAT size = 93814 bytes (34025 bytes decrease)
Output file size = 93892 bytes (34205 bytes = 26.70% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-devel/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-15-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 91989 bytes
Input file size = 92199 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 66560
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
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zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 66560
Output IDAT size = 66560 bytes (25429 bytes decrease)
Output file size = 66638 bytes (25561 bytes = 27.72% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-devel/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-16-1.png
844x864 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 188968 bytes
Input file size = 189322 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 168348
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
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zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 168348
Output IDAT size = 168348 bytes (20620 bytes decrease)
Output file size = 168426 bytes (20896 bytes = 11.04% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-devel/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-19-1.png
844x480 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 49375 bytes
Input file size = 49525 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 38960
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zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
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zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 38960
Output IDAT size = 38960 bytes (10415 bytes decrease)
Output file size = 39038 bytes (10487 bytes = 21.18% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-devel/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-20-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 63015 bytes
Input file size = 63177 bytes
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zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 47300
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
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zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 47300
Output IDAT size = 47300 bytes (15715 bytes decrease)
Output file size = 47378 bytes (15799 bytes = 25.01% decrease)
--- finished re-building ‘STMOB.Rmd’
--- re-building ‘XeniumBC.Rmd’ using rmarkdown
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/BC_scRNAList.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 2310272 bytes (2.2 MB)
==================================================
downloaded 2.2 MB
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/BC_XeniumList.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 1256437 bytes (1.2 MB)
==================================================
downloaded 1.2 MB
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/BC_feature_imgList.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 12559173 bytes (12.0 MB)
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Output file size = 365298 bytes (162679 bytes = 30.81% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-devel/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png
1152x1512 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
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zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 284971
Output IDAT size = 284971 bytes (119844 bytes decrease)
Output file size = 285049 bytes (120432 bytes = 29.70% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-devel/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-16-1.png
1152x480 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 137347 bytes
Input file size = 137617 bytes
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Output IDAT size = 109537 bytes (27810 bytes decrease)
Output file size = 109615 bytes (28002 bytes = 20.35% decrease)
** Processing: /data/gannet/ripley/R/packages/tests-devel/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-17-1.png
1152x1512 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 305071 bytes
Input file size = 305593 bytes
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zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 225724
Output IDAT size = 225724 bytes (79347 bytes decrease)
Output file size = 225802 bytes (79791 bytes = 26.11% decrease)
Quitting from lines 323-331 [unnamed-chunk-19] (XeniumBC.Rmd)
Error: processing vignette 'XeniumBC.Rmd' failed with diagnostics:
attempt to set 'colnames' on an object with less than two dimensions
--- failed re-building ‘XeniumBC.Rmd’
SUMMARY: processing the following file failed:
‘XeniumBC.Rmd’
Error: Vignette re-building failed.
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc
Version: 0.2.0
Check: package dependencies
Result: ERROR
Package required but not available: ‘ProFAST’
See section ‘The DESCRIPTION file’ in the ‘Writing R Extensions’
manual.
Flavors: r-devel-macos-arm64, r-devel-macos-x86_64, r-release-macos-arm64, r-oldrel-macos-x86_64
Version: 0.2.0
Check: re-building of vignette outputs
Result: ERROR
Error(s) in re-building vignettes:
...
--- re-building ‘STMOB.Rmd’ using rmarkdown
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/MOB_ST.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 5988380 bytes (5.7 MB)
==================================================
downloaded 5.7 MB
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/MOB_scRNA.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 48066404 bytes (45.8 MB)
==================================================
downloaded 45.8 MB
Performing log-normalization
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Calculating gene variances
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Calculating feature variances of standardized and clipped values
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Performing log-normalization
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
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Calculating gene variances
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
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Calculating feature variances of standardized and clipped values
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
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Progress: ─────────────────────────────────────────── 100%
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Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ─────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-release-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 126860 bytes
Input file size = 127118 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 96729
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 96729
Output IDAT size = 96729 bytes (30131 bytes decrease)
Output file size = 96807 bytes (30311 bytes = 23.84% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-release-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 128341 bytes
Input file size = 128599 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 97991
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 97991
Output IDAT size = 97991 bytes (30350 bytes decrease)
Output file size = 98069 bytes (30530 bytes = 23.74% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-release-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 128341 bytes
Input file size = 128599 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 97991
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 97991
Output IDAT size = 97991 bytes (30350 bytes decrease)
Output file size = 98069 bytes (30530 bytes = 23.74% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-release-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-15-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 92821 bytes
Input file size = 93031 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 68226
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 68226
Output IDAT size = 68226 bytes (24595 bytes decrease)
Output file size = 68304 bytes (24727 bytes = 26.58% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-release-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-16-1.png
844x864 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 189490 bytes
Input file size = 189844 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 170046
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 170046
Output IDAT size = 170046 bytes (19444 bytes decrease)
Output file size = 170124 bytes (19720 bytes = 10.39% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-release-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-19-1.png
844x480 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 49756 bytes
Input file size = 49906 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 41497
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 41497
Output IDAT size = 41497 bytes (8259 bytes decrease)
Output file size = 41575 bytes (8331 bytes = 16.69% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-release-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/STMOB_files/figure-html/unnamed-chunk-20-1.png
844x576 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 63220 bytes
Input file size = 63382 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 49156
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 49156
Output IDAT size = 49156 bytes (14064 bytes decrease)
Output file size = 49234 bytes (14148 bytes = 22.32% decrease)
--- finished re-building ‘STMOB.Rmd’
--- re-building ‘XeniumBC.Rmd’ using rmarkdown
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/BC_scRNAList.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 2310272 bytes (2.2 MB)
==================================================
downloaded 2.2 MB
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/BC_XeniumList.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 1256437 bytes (1.2 MB)
==================================================
downloaded 1.2 MB
trying URL 'https://github.com/XiaoZhangryy/CAESAR.Suite/blob/master/vignettes_data/BC_feature_imgList.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 12559173 bytes (12.0 MB)
==================================================
downloaded 12.0 MB
Performing log-normalization
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Progress: ───────── 100%
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Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%
Progress: ──────────────────────────────────────────────────────────────── 100%** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-release-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png
1152x1512 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 529798 bytes
Input file size = 530644 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 381671
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 381671
Output IDAT size = 381671 bytes (148127 bytes decrease)
Output file size = 381749 bytes (148895 bytes = 28.06% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-release-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-13-1.png
1152x1512 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 407870 bytes
Input file size = 408536 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 290562
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 290562
Output IDAT size = 290562 bytes (117308 bytes decrease)
Output file size = 290640 bytes (117896 bytes = 28.86% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-release-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-16-1.png
1152x480 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 138203 bytes
Input file size = 138473 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 113268
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 113268
Output IDAT size = 113268 bytes (24935 bytes decrease)
Output file size = 113346 bytes (25127 bytes = 18.15% decrease)
** Processing: /home/hornik/tmp/R.check/r-release-gcc/Work/PKGS/CAESAR.Suite.Rcheck/vign_test/CAESAR.Suite/vignettes/XeniumBC_files/figure-html/unnamed-chunk-17-1.png
1152x1512 pixels, 3x8 bits/pixel, RGB
Input IDAT size = 303779 bytes
Input file size = 304301 bytes
Trying:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 230022
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 0
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 0
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 1 f = 5
zc = 1 zm = 8 zs = 2 f = 5
zc = 9 zm = 8 zs = 3 f = 5
Selecting parameters:
zc = 9 zm = 8 zs = 0 f = 0 IDAT size = 230022
Output IDAT size = 230022 bytes (73757 bytes decrease)
Output file size = 230100 bytes (74201 bytes = 24.38% decrease)
Quitting from lines 323-331 [unnamed-chunk-19] (XeniumBC.Rmd)
Error: processing vignette 'XeniumBC.Rmd' failed with diagnostics:
attempt to set 'colnames' on an object with less than two dimensions
--- failed re-building ‘XeniumBC.Rmd’
SUMMARY: processing the following file failed:
‘XeniumBC.Rmd’
Error: Vignette re-building failed.
Execution halted
Flavor: r-release-linux-x86_64
Version: 0.2.0
Check: installed package size
Result: NOTE
installed size is 8.4Mb
sub-directories of 1Mb or more:
data 1.4Mb
doc 1.2Mb
libs 5.5Mb
Flavors: r-release-macos-x86_64, r-oldrel-macos-arm64